El 5 de noviembre de 1999 el CARI y el CEPEI, representados por Carlos Manuel Muñiz, Presidente del CARI y Bernardino Hugo Saguier Caballero, Presidente del CEPEI, han firmado un acuerdo de cooperación considerando el interés común de ambas Instituciones en fortalecer los vínculos entre instituciones similares del Paraguay y la Argentina.

Se estableció un programa de cooperación entre el CARI y el CEPEI, que incluye entre otras actividades, la colaboración en la ejecución de proyectos relacionados con la investigación, análisis, actos académicos, intercambio y difusión de publicaciones y colaboración científica, todas ellas actividades vinculadas con las relaciones bilaterales entre el Paraguay y la Argentina, así como multilaterales relacionadas con procesos de integración y presencia en foros económicos y de concertación política.